绿色食品标准的制定程序与国家标准的制定程序是一致的，都要经过严格的立项，起草，审查，复审等程序。具体制定程序包括以下九个阶段：
（1）预阶段
对计划新标准项目的相关数据、资料收集分析，编写标准项目的可行性研究报告，向农业部主管司局提出新项目立项申请。这部分工作主要是通过市场分析调研，国内外相关标准资料的汇总对比分析并结合实际标准体系建设需要确定标准项目的必要性，预测项目完成后可能带来的经济效益和社会效益等。
（2）立项阶段
农业部科研项目审批单位组织对申报项目的必要性和可行性进行评审，确定申请项目是否列入当年财政预算项目。经审议通过的项目由农业部统一下达《农业行业标准制修订项目任务书》和标准制定经费，制定标准单位根据前期工作确定标准项目的具体实施方案填写《农业行业标准制修订项目任务书》。
（3）起草阶段
用大约半年时间搜集整理国内外有关法律、法规和标准资料，同时进行市场调研和企业实地考察，研究分析初步确定技术项目和指标，并进行实验验证。按照GB/T 1.1-2000要求完成标准征求意见稿的编写。
（4）征求意见阶段
通过网络和信函等方式广泛征求生产企业、经销商、检测机构和有关管理机构意见，对回馈意见进行分析汇总、验证，并根据意见将标准征求意见稿修改完善形成标准送审稿。
（5）审查阶段
标准送审稿上报农业部，由农业部相关主管部门确定标准审定会及时间后，组织召开标准审定会，对标准内容进行逐字逐句地审议，制定标准单位要根据会上汇总意见完成标准报批稿，并由表决是否通过审定，通过后上报作为行业标准颁布。
（6）批准阶段
农业部对上报材料进行终审核，发布农业部标准颁布公告，并将附有公告标准号的标准文本提供给相关标准出版社。
（7）出版阶段
出版社按标准格式出版发行。
（8）复审阶段
标准需要定期复审，复审周期一般不超过5年。根据情势变化对标准进行审核，不需要修改的继续有效，需要修改的列入修订计划，没有存在必要的标准予以废止。
（9）废止阶段
标准被修订或被其他标准涵盖而废止。
以上从标准项目准备阶段到出版发行一般需要一年半到两年时间。
同时绿色食品标准体系中还有《绿色食品 产地环境调查、监测与评价导则》对环境监测工作进行规范，以确保监测数据的公正性和性。
