但是分支场所的生产运作模式是和总部设有差异的，体系文件分开建立比较好管理

就是认证机构的总部及其所属的分支机构、办事处等均按照总部的质量管理体系运行，有时称为无差异运行，主要是保证总部及其分支机构、办事处的的管理水平不因其组织的级别高低、从属而降低。

是，如果不属于同一体系运行的话。是不是就应该按照俩公司的体系认证了。

能否澄清一下问题？题目和内容说的不是一回事：题目说的“多场所认证”指的是认证公司对有多场所组织的认证，可是文中引用的规则是认可机构对多场所认证公司的认可规则。或者简单地说，楼主提的问题是“多场所认证”，还是“多场所认可”？