琼脂为细胞壁的组成成分，由琼脂糖(Agarose)和琼脂果(Agaropectin)两部分组成，作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯(盐)的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节在1，3苷键交替地相连的β-D-吡喃半乳糖残基和3, 6-α-L-吡喃半乳糖残基。而琼脂果胶是非凝胶部分，是带有硫酸酯(盐)、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖，也是商业提取中力图去掉的部分。商品琼脂一般带有2%-7%的硫酸酯(盐)，0%-3%的丙酮酸醛及1%-3%的甲乙基。这么多的杂质，会影响实验的精确度，尤其是分子实验。所以所用的琼脂粉必须是纯化琼脂粉。所以琼脂粉的纯化，就是指的将琼脂粉里的杂质尽量去除。可以用细菌琼脂粉，就是从细菌中提取的琼脂粉，纯度高，杂质少。