黄原胶生产菌株为黄单孢菌属几个种，目前工业化生产用菌株主要是甘蓝黑腐病黄单孢杆菌，此外菜豆黄单胞菌、锦葵黄单胞菌和胡萝卜黄单胞也可作为发酵菌种。