在科学和生物学意义上，鳕鱼和黑线鳕的主要区别在于它们的种类类型，这两种鱼类实际上属于同一科，但又分属不同的属，黑线鳕属于黑线鳕属，鳕鱼属于黑线鳕属，鳕鱼和黑线鳕在物种上的差异很大程度上解释了它们在外表、饮食习惯和栖息地上的差异。
黑线鳕的侧线从头部延伸到尾部。
这些鱼在外观上非常相似，但明显的区别是它们的侧线从头部到尾部，鳕鱼的侧线是淡白色的，而黑线鳕的侧线是深黑色的，胸鳍上有一些斑点，位于头部的一侧，黑线鳕的初级背鳍更长更尖，与鳕鱼相比，黑线鳕的尾巴位于距离头部近的鱼背部。黑线鳕的尾巴也比鳕鱼钝的尾端更凹。两种鱼的颜色也不同：鳕鱼看起来有绿色、黄色的色调，而黑线鳕则有灰色、银色的阴影。
鳕鱼的颜色似乎是绿色和黄色。
这两种鱼类生活在相似的区域，例如北大西洋和缅因湾。然而，它们的栖息深度，不同之处在于，鳕鱼生活在较浅的水域，而鳕鱼生活在5至10英寻（9.14至18.28米）深的水域，而鳕鱼则生活在20至70英寻（36.57至128.01米）深的水域这可能就是鳕鱼比黑线鳕更容易过度的原因。事实上，世界自然基金会（WWF）在2000年将鳕鱼列为濒危物种，2010年，大西洋鳕鱼被列入国际绿色和平组织的"海鲜红色名单"。
鳕鱼和黑线鳕都喜欢吃海参。
就饮食习惯而言，鳕鱼和黑线鳕吃的食物相似，如海参、蠕虫、脆星、软体动物等，不同的是鳕鱼吃的是体型较大的蛤蜊和螃蟹，而黑线鳕则不吃。黑线鳕也比鳕鱼吃更多的蠕虫，可能是因为海底附近有大量的海虫。另一方面，鳕鱼甚至会试图在水面附近捕捉小海鸭。
鳕鱼以比黑线鳕更大的螃蟹为食。
专业的渔夫或垂钓者可能知道鳕鱼和黑线鳕的区别，但即使是厨师也能从质地和文字上察觉到差异。鳕鱼在轻轻按压时比黑线鳕略软，这表明了鱼肉质地的不同。鳕鱼肉更潮湿、更丰满，而黑线鳕则有片状的干稠度。鳕鱼和黑线鳕味道相似，但是许多厨师说黑线鳕味道更甜。
黑线鳕比鳕鱼吃更多的蠕虫。
大西洋鳕鱼被商业渔民过度，这使得黑线鳕更加常见。