臭氧消毒器的方法和其它方法有所不同，更加干净彻底，臭氧能氧化分解细菌内部葡萄糖所需的酶，使细菌灭活死亡，除此之外还能直接与细菌，病毒作用，破坏他们的细胞器和DNA,RNA，使细菌的新陈代谢受到破坏，导致细菌死亡；更加厉害的是透过细胞膜组织，侵入细胞内，作用于外膜的脂蛋白和内部的脂多糖，使细菌发生通透性畸变溶解死亡。