切换过程采用异丙醇过渡，0.3ml/min流速冲洗不少于1小时，这个过程先不连接色谱柱，用purge排空管路中的其他溶剂，关闭排空阀冲洗1分钟，整个色谱柱前端全部被替换为异丙醇，再连接色谱柱，开始冲洗1小时。然后换正己烷冲洗，因为有部分异丙醇在色谱柱里，开始的流速也必须是0.3ml/min。正己烷不能遇水始终谨记。

从反相系统切换到正相系统通常是采用异丙醇过渡，具体来说就是在地流速的状态下采用异丙醇慢慢冲洗2小时或者是30倍柱体积以上，然后使用异丙醇正己烷混合流动相慢慢过渡到100%正己烷流动相，平衡系统后就可以分析样品了；值得注意的是通常厂家都有操作指南和注意事项，比如柱塞杆密封圈溶剂耐受种类，必要的话需更换；六通阀的转子密封圈也有类似的问题，系统管线也是如此等等