理论上，同一台仪器，同样的条件，同样的标准溶液，不同的色谱柱的峰面积应该接近（在完全分离和组分不与柱子用反应，进样量相同）。但实际上，总会有差别，可能由于两者的分离效果很难完全一样，例如有的组分在一根柱子上出峰快早，峰型好，而在另一根柱子上出峰慢晚，得到的峰形状不一样，积分到的峰面积可能就会有差异。如果一根柱子上有不能完全分离的峰，另一根柱子则分离很好，其结果也不一样。