与色谱柱的类型、样品类型和pH的选择范围有关系。最常用的反相色谱柱是硅胶为基质，键合C18. 该类型在碱性条件下会出现硅胶溶解的问题，所以pH值的选择很重要。留心说明书中色谱柱的使用pH范围。另一方面，pH对样品和色谱柱的解离状态也有影响，pH值也会对分离结果有影响。