出峰的顺序是合力作用的结果，如沸点、极性、主要官能团，这些分量在决定出峰顺序时的权重依不同化合物而有所不同一般情况下，导致快速出峰的某个因素所占的权重特别大

柱温箱的温度会影响目标物的出峰时间的快慢，出峰的顺序受毛细管柱内的涂层的影响比较大。

出峰顺序不但和组分的性质有关，也和柱填料的性质有关，两者之间作用力的强弱决定了组分在色谱柱中运动的速度，作用力越强，运动越慢，出峰时间靠后。

分子结构决定了分子的极性，以及其它属性，色谱柱就靠分子属性的差别分离混合物的，出峰顺序肯定和组分本身的结构有关。有一种测试柱子极性的方法，就是将几种不同极性但极性相近的组分配成混标，以出峰顺序来判断极性。