据俄罗斯防疫监测部门报道，PHMB的杀菌机理可解释为由于在PHMB中的胍基有很高的活性，使聚合物成正电性，故很容易被通常呈负电性的各类细菌、病毒所吸附，从而抑制了细菌病毒的分裂功能，使细菌病毒丧失了生殖能力，加上聚合物形成的薄膜堵塞了微生物的呼吸通道，使微生物迅速窒息而死。同时，由于PHMB是聚合物结构，能使胍基的有效活性得以提高，所以PHMB的杀菌效力大大高于其他胍类化合物。