高效液相色谱法适于分析高沸点不易挥发的、受热不稳定易分解的、分子量大、不同极性的有机化合物；生物活性物质和多种天然产物；合成的和天然的高分子化合物等。它们涉及石油化工产品、食品、合成药物、生物化工产品及环境污染物等，约占全部有机化合物的80%。其余20%的有机化合物，包括永久性气体，易挥发低沸点及中等分子量的化合物，只能用气相色谱法进行分析。依据样品分子量和极性推荐各种789:分离方法的应用范围。 高效液相色谱法虽具有应用范围广的优点，但也有下述局限性。 第一，在高效液相色谱法中，使用多种溶剂作为流动相，当进行分析时所需成本高于气相色谱法，且易引起环境污染。当进行梯度洗脱操作时，它比气相色谱法的程序升温操作复杂。 第二，高效液相色谱法中缺少如气相色谱法中使用的通用型检测器（如热导检测器和氢火焰离子化检测器）。近年来蒸发激光散射检测器的应用日益增多，有望发展成为高效液相色谱法的一种通用型检测器。 第三，高效液相色谱法不能替代气相色谱法，去完成要求柱效高达10万块理论塔板数以上，必需用毛细管气相色谱法分析组成复杂的具有多种沸程的石油产品。 第四，高效液相色谱法也不能代替中、低压柱色谱法，在200kPa至1MPa 柱压下去分析受压易分解、变性的具有生物活性的生化样品。 综上所述可知，高效液相色谱法也和任何一种常用的分析方法一样，都不可能十全十美，作为使用者在掌握了高效液相色谱法的特点，应用范围和局限性的前提下，充分利用高效液相色谱法的特点，就可在解决实际分析任务中发挥重要的作用。