微波是一种电磁波。这种电磁波的能量不仅比通常的无线电波大得多，而且还很有“个性”微波一碰到金属就发生反射，金属根本没有办法吸收或传导它；微波可以穿过玻璃、陶瓷、塑料等绝缘材料，但不会消耗能量；而含有水分的物料，微波能量则会被吸收。
工业微波炉正是利用微波的这些特性制作的。工业微波炉的外壳用不锈钢等金属材料制成，可以阻挡微波从炉内逃出，以免影响人们的身体健康。物料则在输送带上通过。工业微波炉的心脏是磁控管。这个叫磁控管的电子管是个微波发生器，它能产生每秒钟振动频率为 2450MHz或915MHz的微波。这种肉眼看不见的微波，能穿透食物达5cm或更深，并使物料中的水分子也随之运动，剧烈的运动产生了大量的热能，于是可以对物料进行加热了。这就是工业微波炉加热的原理。用其它方式加热物料时，热量总是从物料外部逐渐进入物料内部的。而用微波炉加热，热量则是直接深入物料内部，所以其加热速度比其它加热方式（热风、红外等）快4至10倍，热效率高达80%以上。
目前，其他各种设备的热效率无法与它相比。而工业微波炉由于加热的时间很短，能很好地保持物料中的成份。比如，用工业微波炉烤青豌豆，几乎可以使维生素C一点都不损失。另外，工业微波炉大的用途是可以广泛应用在食品及制药领域的消毒杀菌。
使用工业微波炉时，应注意不要“空载”（即没有可吸收微波的介质），因为“空载”时，微波的能量无法被吸收，这样很容易损坏磁控管。另外，人体组织是含有大量水分的，一定要在磁控管停止工作后，再打开炉门，提取物料。