国抽及省抽公告的不合格对认证证书是否有影响？

影响应该会有的。

不合格也是正常的，体系中有不合格的处理，只要不是体系整体有问题（存在造假、严重的食品安全事件等），一次不合格怎么会影响证书？

针对企业抽检的情况，认证机构会有专门负责的人对企业的抽检结果进行搜索，确认企业发现有抽检不合格的情况，认证机构在现场检查时会查看不合格的相关文件，比如是否找到原因，是否可控，是否对不合格产品进行召回，召回后如何处理等一系列处理应对措施是否都符合文件要求。企业抽检发现的不合格对认证机构影响的大小，也取决于不合格的严重程度或对消费者、客户、社会造成的危害程度。但是一般来说，不会产生特别大的影响，但如果一个企业三番五次抽检不合格，那么认证机构在对企业进行认证时也肯定会多加小心的。

机构好像有专人负责此项工作，风险管理一部分