我做了实验室两台仪器间的比对，怎样来衡量是否合格？

用质控样品来判断。只要在允许差范围内就可以。

质控样做的结果如何?做出来和真实值接近的话那就对了.

F检验法即可

可以考虑与方法的重复性限或重现性限比较。