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全基因组多基因位点序列分型wgMLST

多位点序列分型（ MLST ）已证明其在过去15年中对细菌的分子分型的作用。传统的MLST方案通常定义七个基因位点（管家基因），使用Sanger技术对其进行测序。每个基因位点的独特序列被指定等位基因号，并且基于它们的等位基因谱来鉴定细菌菌株，所述等位基因谱是七个等位基因号的组合。二测序提供了一种快速且经济有效的细菌基因组测序方法，正快速取代Sanger测序，传统的MLST可以扩展到全基因组MLST（wgMLST）。由于在wgMLST中考虑了更多的基因位点（通常为1500-4000），因此可以获得更高的分型分辨率。与全基因组SNP分析相反，wgMLST基于等位基因变异的概念，意味着多个位置的重组和缺失或插入被计为单个进化事件。这种方法在生物学上可能比仅考虑点突变的方法更具相关性。该技术的主要劣势是它需要等位基因管理。在缺乏合适的自动化工具的情况下，为数千个基因位点维持一致的等位基因分配将是一项艰巨的任务。为了适应这种情况，自动化的管理工具被开发出来。BioNumerics为您提供：· wgMLST的全自动渠道· 集成计算引擎：可以是基于云的，也可以是本地设置· 轻量级示例数据库· 灵活选择基因位点目前，功能齐全的wgMLST框架可用于以下生物：· 鲍曼不动杆菌（Acinetobacter baumannii） · 蜡状芽孢杆菌（ Bacillus cereus ） · 洋葱伯克霍尔德菌复合体（ Burkholderia cepacia complex ） · 布鲁氏菌属（ Brucella spp. ） · 弯曲杆菌 - 空肠弯曲杆菌（ Campylobacter coli - C. jejuni ） · 柠檬酸杆菌属（ Citrobacter spp. ） · 艰难梭菌（Clostridium difficile） · 克罗诺杆菌（ Cronobacter spp ） · 阴沟肠杆菌（ Enterobacter cloacae ） · 粪肠球菌（ Enterococcus faecalis ） · 屎肠球菌（Enterococcus faecium） · （） · 大肠埃希氏菌/志贺氏菌（ Escherichia coli / Shigella ） · 土拉热弗朗西丝（氏）菌（ Francisella tularensis ） · 产气克雷白（氏）杆菌（ Klebsiella aerogenes ） · 催产克雷白（氏）杆菌（Klebsiella oxytoca） · 肺炎克雷伯氏菌（ Klebsiella pneumoniae ） · 嗜肺性军团病杆菌( Legionella pneumophila ) · 单核细胞增多性李司特氏菌（ Listeria monocytogenes ） · 结核分枝杆菌（ Mycobacterium tuberculosis ） · 淋病奈瑟氏菌（ Neisseria gonorrhoeae ） · 绿浓杆菌（ Pseudomonas aeruginosa ） · 肠道沙门氏菌（ Salmonella enterica ） · 粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens） · 金黄色葡萄球菌（ Staphylococcus aureus ）以下wgMLST框架目前正在开发中，很快就会推出：· 百日咳博德特氏菌（ Bordetella pertussis ） · 肉毒杆菌（Clostridium botulinum） · 脓肿分枝杆菌（ Mycobacterium abscessus ） · 牛分枝杆菌（ Mycobacterium bovis ） · 堪萨斯分枝杆菌（ Mycobacterium kansasii ） · 麻风分枝杆菌（ Mycobacterium leprae ） · 奈瑟菌属（ Neisseria spp. ） · 嗜麦芽寡养单胞菌（ Stenotrophomonas spp. ） · 化脓性链球菌（ Streptococcus pyogenes ） · 弧菌属（ Vibrio spp. ） · 耶尔森氏菌（ Yersinia spp. ）如果您正在研究这些生物中的一种或此列表中未列出的任何其他生物，请私信与我，以便就wgMLST分析进行合作。展开全部∨ 0 回答 · 2 关注