食品流通许可证是在食品药品监督管理局办理，在北京市到行政大厅办理，递交资料，初审合格转食品流通管理科，再审合格后打印食品流通许可证到行政大厅食药局窗口领取。

各地改革进度不一。食品监管职能未划转的，到工商局办理；成立新食品监管部门的，到新部门办理。申请提交的材料基本与原工商部门的相同。新办带名称预先核准通知书（工商部门签发），增加经营范围的带营业执照副本，还要经营场所证明、租赁合同、安全管理制度、健康证明、操作流程布局图等材料，请咨询办证窗口。

现在处于职能交接期，各个地方不一样。还是问地方上吧

食品流通许可证，在工商局办理，具体怎么办咨询当地工商局。