由于具体是那种食用菌不详，只能猜测是不是蛋白质成分由于湿热灭菌时间长变性析出来了？

离心沉淀出现絮凝原因很多 应该是植物蛋白 具体的在工艺上没看出来

这是物质溶解度差异造成的（高温与低温时的差异），与微生物基本没有关系。

若是软化水，添加剂只有三氯蔗糖，那你做水提前，对这四种原料做烫漂处理小试。再做一下试验。

杀菌前检测过微生物吗？