纸杯蛋糕有很多种不同的配料，有些非常传统，有些非常复杂和独特。作为一种甜味的标准面层，奶油奶油奶油或皇家糖霜很受欢迎。当装饰得很精细时，杏仁饼可以切割成与表面相匹配的形状，并堆积到所需的厚度以支撑塑料或糖雕像。搅打奶油、水果蜜饯、融化的巧克力或坚果制成的酱汁都可以用作纸杯蛋糕的配料。简单的配料可以通过在纸杯蛋糕表面撒上一些糖粉、可可粉，或者五颜六色的甜珠子。
纸杯蛋糕常见的配料之一是奶油奶油奶油糖霜。这是由搅打至成奶油状，再与糖混合。它用途广泛，可以用香草、巧克力或利口酒调味，并用几滴食用色素着色。它可以提供丰富的，奶油味伴随着纸杯蛋糕。
一种糖化的糖衣，可以干燥成固态糖分，可以用来在纸杯蛋糕上做一个酥脆的外壳。像奶油奶油奶油一样，它可以根据情况进行调味和着色。糖霜通常与杏仁饼（一种可延展的杏仁糊和糖）一起使用，因为杏仁饼可以制造出扁平的，干净的表面和皇家冰层可以在其上形成坚实的图案和装饰。
对于某些活动，纸杯蛋糕的特殊配料可以用普通的甜点制成，并放在糖霜底座上，这可以包括剃了皮的巧克力卷或蘸了简单糖浆的水果块，使它们看起来有光泽白色巧克力片、磨碎的榛子或预制糖果或装饰花洒可以放在上面，以获得额外的风味。
还有一些模具可以填充融化的巧克力或彩色糖，创造出三维（3D）设计，如蝴蝶，花朵或星星，可作为纸杯蛋糕的装饰物。不同类型的水果，如苹果和梨，可以雕刻并定位成小的、可食用的小雕像。任何甜的物质，如巧克力或皇家糖霜，在变硬之前可以作为液体滴在蜡纸上，以创造出精致的固体形状它可以从纸上撕下来，放在已经磨砂过的纸杯蛋糕上。
可以磨碎的食物也可以通过撒在磨砂过的顶部而变成纸杯蛋糕的配料。磨碎的杏仁或花生、压碎的巧克力曲奇或全麦饼干都能很好地发挥作用。如果要制作更精致的面层，用还原水果制成的浓汁加上焦糖酱可以增加蛋糕的甜味和质感。
纸杯蛋糕可以在上面撒上搅打奶油。