通常用臭氧与二氧化碳进行灭菌；通过反渗透等处理后无菌灌装也可不用臭氧灭菌

对于臭氧灭菌的话，只有使用浓度大的情况下才能控制微生物，多了产生溴酸盐，更何况臭氧作用时间短，不能长期保持良好的效果。现在一种高效型杀菌剂作用时间长无残留，不产生抗药性，重要的是彻底提高了水质质量，很多厂家被采纳长期使用

国内法规是可以用臭氧杀菌的，欧盟的法规若用臭氧后不能称为“天然矿泉水”；目前国内控制臭氧使用，主要是臭氧与水中的溴酸盐反应会生成溴化物，GB8537-2008溴酸盐要求小于10ppb；大约1的溴化物通过臭氧会产生1.6的溴酸盐。