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为了解决小麦中抗营养因子带来的负面效应，人们通过添加对应的酶制剂来解决该问题。当前的酶制剂可以分为三种：植酸酶制剂、消除NSP抗营养作用的酶制剂、内源性消化酶制剂。
酶制剂对小麦日粮饲用价值的影响
体外评价
由于无法实时观察到酶制剂在动物体内的作用情况，因此可以用体外试验来预测酶制剂在体内的作用效果。体外评定酶制剂作用效果的方法包括测定酶制剂活性、测定酶制剂对日粮粘度降解作用等。
对动物生长性能的影响
酶制剂可以提升饲喂小麦日粮的家禽的生长性能已经取得了比较好的一致性，但是在猪等动物中却没有取得比较一致的结果。这可能是由于家禽消化道更加简单，缺乏水分，微生态环境也更加单一所致。总而言之，酶制剂对动物的生长性能影响方面具有正面的作用。
对养分清化代谢率的影响
虽然酶制剂在提升饲喂小麦日粮猪的生长性能效果方面仍然存在争议，但是在对养分消化的改善方面已经取得了比较好的一致性。研究普遍认为，在畜禽小麦日粮中添加植酸酶制剂可以显著提升蛋白质、钙磷和微量元素的消化率，也可以增加总能和表观代谢能水平。
对动物生理的影响
酶制剂在影响者小麦日粮饲料养分消化代谢的过程中，同时也会对动物的各项生理功能造成影响。
NSP复合酶也有良好的饲养效果，在蛋鸡小麦日粮中添加可以降低脏蛋率。在生长猪小麦日粮中添加木聚糖酶可以显著提高生长猪血清葡萄糖、三碘甲腺原氨酸、四碘甲腺原氨酸和D-木糖含量，极显著降低血清尿素氮含量，影响猪肠道微生物菌群组成。
2013年王金伟发现，NSP酶制剂可以提升小麦日粮仔猪的血清球蛋白，这可能是因为小麦型饲粮中添加NSP酶后有效降解了饲料中大部分NSP，食麋中蛋白质消化吸收加强，导致血液中总蛋白、球蛋白含量升高，从而改善机体的免疫机能。
1998年Sebastian等认为，植酸酶可以促进家禽的骨骼发育，这一点在仔猪中也得到了确认。王金全发现，在家禽小麦日粮中添加酶制剂降低了消化器官的重量，增加了免疫器官相关重量，最终改善消化和免疫能力。
Wu等报道，小麦-豆粕型饲粮中添加木聚糖酶和植酸酶可分别降低家禽小肠相对重量和长度，影响肠绒毛高度、杯状细胞数量及隐窝深度。陈清华等和杨玉芬等在猪中也观察到了类似的现象。
酶制剂对动物消化道内环境的影响
由于肠道的内环境对动物健康的重要影响已经引起越来越多的关注。而NSP由于其在前肠道未被消化，在后肠道大量发酵的特点，为后肠道有害菌提供了营养物质，易导致肠道微生态失衡，而小麦中又恰恰含有大量的NSP，所以，在小麦中添加NSP酶制剂不仅可以改善饲料的利用价值，更对动物的健康有着重要的作用。其次，在小麦饲料中添加内源酶，也可以帮助幼龄动物尽快建立起肠道菌群，促进肠道发育。
