柱床塌陷是指色谱柱使用一段时间后色谱柱入口处的柱床产生可见的空隙。该空隙的存在增大了死体积，会导致色谱柱柱效下降。造成柱床塌陷的原因如下：其一，色谱柱填装时的压力过低，填装不紧密，在高压下使用一段时间，开始出现空隙；其二，操作压力超出色谱柱填料的耐压值，导致填料颗粒破碎产生空隙；其三，流动相溶解填料导致空隙出现。键合相塌陷是指由于流动相极性与键合相极性相差太大，键合相无法在流动相中充分伸展而倒伏、缠结在一起，比如普通C18在纯水相条件下。相塌陷会导致色谱柱对化合物的保留不足。