壳聚糖具有较强的抗真菌性的事实已为人熟知。Alen等人对46种真菌的抑菌实验发现壳聚糖对薄状菌属、脉孢菌属、座线孢菌属等32种真菌具有抑制作用。一般地，当壳聚糖的浓度达到100μg/mL时，即可表现出抗真菌性，且抗真菌性与壳聚糖颗粒的大小成反比。壳聚糖的聚合度对其抗真菌性有较大的影响，聚合度降低，则壳聚糖所能抑制的真菌种类减少，但抑制的程度加强。Kendra等人还发现，七聚体的壳聚糖具有最强的抗真菌性。

壳聚糖对大肠杆菌、荧光假单胞菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌等有良好的抑制作用，并且还能抑制鲜活食品的生理变化。壳聚糖天然无毒，适用于偏酸性及含蛋白质少的食品保鲜，遇高分子和离子性复合物可凝集。例如水果的防腐保鲜，用量为醋酸0.1%+壳聚糖0.05%-0.1%。

壳聚糖的衍生物也有很好的抗菌性，甚至强于壳聚糖。