百部含有多种生物碱，其结构大多含有1～2个α-甲基γ-内酯环，而氮则以叔胺形式存在于氮杂薁环中。总生物碱含量随不同品种和不同产地而异，含量从0.26%～3.1%[1]。其中直立百部0.26%～2.1%。主要含直立百部碱(sessilistemonine)、霍多林碱(hordorine)、对叶百部碱(tuberostemonine)、原百部碱(protostemonine)，以及原百部次碱(protostemotinine)。蔓生百部含生物碱0.83%～1.43%，以浙江杭州产者最高，其中主要有百部碱(stemonine)、次百部碱(stemonidinChemicalbooke)、异次百部碱(protostemitinine)、原百部碱、蔓生百部碱(stemonamine)及异蔓生百部碱(Isostemonamine)。对叶百部含生物碱0.53%～3.1%，以湖南衡阳产者最高，其中主要有对叶百部碱、异对叶百部碱(isotuberostemonine)、次对叶百部碱(hypotuberostemonine)、氧化对叶百部碱(Oxytuberostemonine)、斯替明碱(stemine)及斯替宁碱(stenine)，另含对叶百部酮碱(tuberostemonone)、对叶百部醇碱(tuberostemonol)、百部酰胺等。