巴氏杀菌机针对杀菌的物料范围广泛的应用，在使用上会根据不同的物料的特点进行设备上的改进和选择。

水浴式巴氏杀菌机可以用于袋装酱菜、果汁、饮料、果冻、酸奶、果酱、番茄酱、米线、土豆粉、辣椒酱、各类酱料包的杀菌使用。使物料可以完全的浸没在水中进行杀菌。杀菌的时间和杀菌的温度可以自动的控制，使用方便。

喷淋式的杀菌可以用于玻璃瓶物料的杀菌的使用。设备的杀菌采用的预热段、杀菌段、预冷段、冷却段的多段式的方法。保证了玻璃瓶的杀菌温度的逐渐升温，有效的防止了快速升温带来的裂瓶的问题。保证了物料的完整性。设备配置四个杀菌水箱，水箱内的水自动控温，可循环使用。

喷淋式杀菌可应用于玻璃瓶和马口铁的使用，如水果罐头杀菌、番茄沙司杀菌、果汁饮料杀菌、优酸乳杀菌等使用。

设备可根据实际的需要进行加工定制