不知你公司是做什么食品的，一般要熟悉食品安全质量手册、相关标准等文件，熟悉本企业食品生产工艺流程、关键控制点及监控措施，各项记录等。

水质检测应该需要检测常规的3类29项就可以了吧。其他的文件一般不需要大的改动。有改动的话别忘了写文件变更记录。内审记录，管理评审应是必看的。其他的和第一次审没什么大的区别。年审最主要看你的维护体系的方面。