蛋白质的氨基酸序列其实是一直在突变的，映射到二级结构，三级结构上，这种突变产生的影响有些是会级联放大严重影响蛋白结构进而影响功能，当然也有一些是微不足道的，对蛋白结构以及功能没有显著影响。但自然选择让那些不影响结构和功能的氨基酸突变保留下来。这也就让我们看到许多同源蛋白氨基酸序列相似性可能不大，但三维结构非常相似，也就是你说的更保守。