1、没问题，新食品原料全民共享，不是专利；2、至于是否可以用提取物要看公告，如果里面没有提及的话，建议不用，因为涉及食用量问题，你用提取物怎么确定食用量呢？

第一个问题：你可以用自己种植的玛咖经过加工制成玛咖粉，作为保健食品原料。当然，原料要求要符合《关于批准玛咖粉作为新资源食品的公告》卫生部公告2011年第13号附件的要求。第二个问题：可以用玛咖粉提取物为原料申报保健食品。举例说明：人参（人工种植）为新资源食品《关于批准人参（人工种植）为新资源食品的公告》卫生部公告（2012年 第17号），人参提取物即可以作为保健食品的原料，以此类推，玛咖粉提取物亦可以。

可以用自己种植的原料，新食品原料除了特殊要求外，等同于普通食品原料。

个人建议啊：既然自己有种植基地，何必还要买别家的原料。你保证车间符合保健食品卫生许可要求。玛咖制粉工艺连同产品生产加工工艺一同申报。玛咖粉按照卫生部批件批批出报告，官方的更好。等有什么意见，再补呗。