绿色食品终产品必须由中国绿色食品发展中心的食品监测部门依据绿色食品卫生标准检测合格，绿色食品卫生标准一般分为农药残留、有害重金属和细菌等三部分内容。
绿色食品产品标准中的卫生标准项目指标的确定通常需要以下几方面工作：
(1)首先要对相关国际先进标准、国家标准、行业标准进行检索，在不与国家标准有冲突的基础上，优先借鉴国际先进标准（CAC、欧盟、美国、日本），并结合绿色食品对生产过程中禁用部分生产资料的限制，初步确定该类产品的卫生项目和指标。
（2）对生产企业进行现场考察，了解生产状况（原、辅料情况，加工工艺，生产中可能引入或产生的潜在污染等），现场抽样分析，并在全国范围内进行市场调研、抽样，收集各有关检测数据，进行实验室验证和数据对比分析，对卫生项目和指标进行调整。
（3） 经过上述工作将卫生指标确定后，进行广泛征求意见，包括相关生产企业、食品检测单位、科研院校等，并委托其他检测单位对数据指标进行验证。汇总意见后进行论证修改终确定卫生指标。
绿色食品卫生标准农药残留通过检测杀螟硫磷、倍硫磷、敌敌畏、乐果、马拉硫磷、对硫磷、666、DDT、二氧化硫等物质的含量来衡量；细菌则通过检测大肠杆菌和致病菌等来衡量，另外，有些产品的卫生标准中还包括黄曲霉毒素和溶剂残留量等。
比如：粮食类产品的绿色食品卫生标准检测项目有：磷化物、氢化物、二硫化碳、氯化物、氢化物、黄曲霉毒素B1、七氯、艾氏剂、狄氏剂、666、DDT、敌敌畏、乐果、马拉硫磷、对硫磷、杀螟硫磷、倍硫磷、砷、汞、镉，共二十一项指标，而常规的粮食类产品卫生检测项目只检测马拉硫磷、磷化物、氢化物、二硫化碳、氯化物、砷、汞、666、DDT、黄曲霉毒素B1等十项指标。
绿色食品检测项目比普通食品多出10多项，而且具体检测项目标准也高出一个层次，绿色食品卫生高标准高要求的特点保障了绿色食品安全健康，无污染的特征。
