果胶包括两种酸性多糖(聚半乳糖醛酸、聚鼠李半乳糖醛酸)和三种中性多糖(阿拉伯聚糖、半乳聚糖、阿拉伯半乳聚糖)。果胶酶本质上是聚半乳糖醛酸水解酶。 果胶酶水解果胶主要生成β-半乳糖醛酸。