金针菇基腐病又叫根腐病，该病多发生在生料栽培的金针菇上，发病初期，菌柄基部发生水渍状小斑，随着病情的发展，逐渐扩大，并且颜色逐渐加深，后变成黑褐色腐烂状。子实体发育阶段，菌柄基部变黑褐色至黑色腐烂，基部腐烂后，子实体倒伏。幼菇发病，不会倒伏，逐渐萎缩停止生长。

其防治方法有：

（1）在配制培养料时，严格控制含水量，在子实体生长阶段，避免菇床上长时间积水。

（2）搞好菇房环境卫生，适时通风透气，控制空气相对湿度不超过95%。

（3）化学防治 发现有病菇，及时清除，后喷洒1：500倍的25%多菌灵或1：800倍的70%甲基托布津，或1：500倍的65%代森锌。常用药剂 ：多菌灵、甲基托布津、代森锌。