金针菇病害病菌在金针菇基部侵染，菌柄变褐并腐烂。进而向上发展覆盖整个子实体，被害处呈水浸状并逐渐变成褐色状软腐。

金针菇软腐病，又称绵霉病、腐烂病等，是金针菇栽培中发生叫普遍的一种真菌病害，且多发生在栽培中后期的第2－3茬菇上，尤以袋栽或床栽方式的发病较重。其病原菌为异形葡枝霉，属于半知菌类。其菌丝白色，有隔，分枝。分生孢子梗直立，有隔，反复轮状分枝，产孢细胞近圆柱形，基末端渐细，顶部钝。分生孢子椭圆形，双孢，少数为单孢。培养15天后可产生厚壁孢子，呈链状，有的厚壁孢子基部可分叉，基部具透明短柄或长柄。病害症状为：染病初期，在菌袋或菌床的培养料表面出现白色菌丝体，当温度、湿度条件适宜时扩展速度很快，不久，白色絮状的菌丝便可覆盖整个培养料表面，即病菌的菌丝、分生孢子梗及分生孢子。幼小菇蕾受该病菌包围侵染后，不能继续生长而呈淡褐色死亡，成长的子实体则引起菌柄基部呈淡褐色水渍状腐烂，病菌棉絮状气生菌丝可向上扩展到菌盖处。菌柄基部腐烂后病子实体倒伏，上面长满白色菌丝，完全失去经济价值，如不及时处理，不能再形成子实体，培养料会呈湿腐状变质。软腐病病原菌平时可生活在有机质丰富的土壤中及死亡的有机物质上。采用生料床栽或箱栽金针菇时，使用了不清洁的水拌料极易发生此病。熟料袋栽或瓶栽时，培养料经过了灭菌处理，第一批菇很少发病，第2－3批菇由于补水和菇房保湿喷水或空气中漂浮的分生孢子沉降到培养料上，在气温偏高和湿度过大以及通风不良的条件下，有利于此病的发生，病害一旦发生后，传播的速度很快。