1. 微波干燥杀菌机加热速度快：常规加热如火焰、热风、电热、蒸汽等，都是利用热传导的原理将热量从被加热物外部传入内部，逐步使物质中心温度升高，称之为外 部加热。要使中心部位达到所需的温度，需要一定的时间，导热性较差的物质所需的时间就更长。微波干燥杀菌是使加热物质本省成为发热体，称之为内部加热方式，不需要热传导的过程，内外同时加热，因此能在多时间内达到加热的效果。
2.微波干燥杀菌机均匀加热：常规加热，为提高加热速度，就需要升高加热温度，容易产生外焦内生现象。微波加热时，物体各部分通常都能均匀渗透电磁波，产生热量，因此均匀性大大改善。
3.微波干燥杀菌机节能高效：在微波加热中，微波能只能被加热物体自身吸引而生热，加热室壁和加热室内的空气及相应的容器都不会发热，所以热效应极高，产生环境也。

4.微波干燥杀菌机易于控制：微波加热的热惯性极小，若配用微机控制，则特别适宜于加热过程和加热工艺的自动化控制。
5.微波杀菌干燥机，无污染：微波能自身不会对食品污染，微波具有热效应和非热效应双重杀菌作用能在较低温度下杀死细菌。这就提供了一种能够较多保持食品营养成分的加热杀菌方法。
6. 微波干燥杀菌时可对物料选择性加热：微波对不同性质的物质有不同的作用，这一点对于干燥作业有利。因为水分子对微波的吸收较好，所以含水量高的部位，吸收 微波功率就多于含水量较低的部位，这就是选择加热的特点。在微波处理木材、纸板等产品时，利用这一特点可以做到均匀加热和均匀干燥。
7.微波干燥杀菌机能耗低、成本低：热量直接产生于湿物料内部，所以热损失少，热效率高，一本可达80%左右。微波干燥灭菌工艺的能源利用率高，一般干燥250kg~300kg药物，耗电量83KW，能源利用率达70%。用电热干燥某物料耗电100KW，而用微波干燥同样湿度的物料，耗电仅20KW即可达 到同样的干燥程度。微波耗能仅占传统蒸汽和烘箱耗能的1/3,节约大量能源，降低了生产成本。