经过10多年的技术改进，水墨体系已成功解决了大多数原先存在的难点，如难以使用、油墨的储存、基材的局限性以及电晕处理和表面张力等问题。但目前水性油墨仍然有部分技术问题尚未解决，妨碍其进一步扩大应用。

干燥时间仍是水墨应用中重要的问题，除非印刷机配备足够的干燥设备，否则印刷速度因之而受影响。另外，由于水墨溶于碱性溶液，使得水墨在高磁性环境中应用受到限制，水墨在冷冻食品包装上的应用仍不具有溶剂墨的耐性，尽管距离在快速缩短，但由于水墨中水组分的高表面自由能使得水墨在许多基材上难以很好地润湿和印刷。

环保型水性油墨目前主要的应用领域是柔性版印刷与凹版印刷，美国95%的柔性版印刷品和80%的凹版印刷品采用水墨。柔性版印刷在中国尚处于起步阶段，目前仅占印刷领域的3%左右。