无论是在馅料里还是堆在上面，水果芝士蛋糕的特色是与芝士蛋糕的奶油芝士馅料相得益彰。樱桃、酸橙和桃子是制作水果芝士蛋糕的一些选择。更多的异国水果，如芒果、菠萝和椰子也被用来制作水果芝士蛋糕。芝士蛋糕也可以有苹果，小红莓和草莓。
樱桃是一种常见的芝士蛋糕配料。
柠檬的味道非常适合做芝士蛋糕，因为许多芝士蛋糕馅料中已经含有一丝柠檬汁。柠檬芝士蛋糕配浆果酱以杏仁和枣皮为特色，上面有腰果、蜂蜜和柠檬汁制成的馅料。浆果酱是用浆果和枣或蜂蜜混合制成的，并搅拌至光滑。柠檬芝士蛋糕的特色是甜炼乳、纽夫恰特奶酪和鸡蛋。它有香草、柠檬汁和柠檬的味道。
许多水果芝士蛋糕都含有酸奶油。
苹果可以用来制作水果芝士蛋糕，例如苹果、红糖和肉桂的苹果streusel芝士蛋糕。秋天苹果芝士蛋糕的特色是用全麦饼干屑、切碎的山核桃和糖做成的外壳。涂有糖和肉桂的苹果切片覆盖在奶油奶酪和糖馅上。焦糖苹果芝士蛋糕的特点是有一层全麦饼干屑，磨碎的肉桂和切碎的山核桃。奶油芝士馅上面是剥皮的苹果，上面是焦糖冰淇淋，鲜奶油和切碎的山核桃在食用前。
苹果经常用于水果芝士蛋糕。
新鲜和罐装的樱桃是水果芝士蛋糕的配料选择每种迷你樱桃芝士蛋糕的制作方法是：在纸杯蛋糕包装纸的底部放一片香草片，然后在上面浇上奶油芝士馅料。它们被煮熟，冷却，然后在上面放上罐装的樱桃派馅饼。
芒果，菠萝和桃子可以用来制作水果芝士蛋糕。芒果芝士蛋糕是在奶油芝士馅料中加入芒果泥制成的。桃子芝士蛋糕是用桃子胶和成熟的大桃子做成的。菠萝芝士蛋糕是用脱脂奶油芝士做成的，菠萝碎和无糖搅打面层。菠萝松果芝士蛋糕是用碎菠萝、椰子奶油和酸奶油制成的，并用淡朗姆酒和椰子提取物调味。
带有一些咬口的水果，如小红莓和酸橙，也被用来制作水果芝士蛋糕。关键的酸橙芝士蛋糕加草莓黄油沙司的特色是奶油奶酪、鸡蛋和酸奶油。它是用酸橙皮、草莓和主要的酸橙汁调味的。旋转的蔓越莓芝士蛋糕有饼干屑和黄油皮。奶油奶酪馅料是用整个浆果蔓越橘酱调味的，肉桂和丁香。
菠萝可用于水果芝士蛋糕。