酸水解氢离子与肽键上羰基结合，氨基携带氢离子离去生成羰基正离子，后者与水作用生成羧基和氢离子。另外新生成的氨基能与酸成盐，促进水解的进行。 碱水解氢氧根攻击羰基上的碳，氨基与羟基氢结合离去，羰基转变为羧基负离子。结果是消耗一份的碱生成氨基酸的羧酸盐。 由于氨基酸上羧基与碱反应的完全程度（近百分之百）要比氨基与酸的高。所以碱水解蛋白质比酸效果要好的多。