动物体内产生反式脂肪酸的情况有两种：1、不饱和脂肪酸在动物的胃部或肠道经过微生物的氢化加成得到；2、动物饲料中含有反式脂肪酸并参与代谢，未能充分降解，进入到了动物的组织或乳品中。 工业中生成反式脂肪酸的原因是对不饱和油脂进行加氢后得到的产物（氢化油）同时含有顺式和反式脂肪酸。后者的比例最多可能高达70%。